R語言：clusterProfiler進行GO富集分析和Gene_ID轉換

ID轉換用到的是 bitr() 函數，bitr()的使用方法：

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org.Hs.eg.db包含有多種gene_name的類型

keytypes() ：keytypes(x)，查看注釋包中可以使用的類型

columns() ：類似于keytypes()，針對org.Hs.eg.db兩個函數返回值一致

select() ：select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.

函數enrichGO()進行GO富集分析，enrichGO()的使用方法：

舉例：

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風格展示結果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發現GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經過我的認真研究，發現跟R版本有關。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關的函數拿出來認真的研究了一下，終于發現的癥結所在。

dotplot這個函數，多了個 label_format 參數

我們來看看這個參數究竟是干什么用的，看看參數說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調節一下這個參數，把他設置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復原來的容貌。

關于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內示例數據的格式，對自己的數據做處理

觀察結論：

觀察自己的兩個數據表：

table.legend 設置為T時會顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

R語言可視化之ggplot2——KEGG通路富集分析

之前分享了如何用ggplot2可視化GO分析的結果。既然做了GO，當然少不了KEGG了。

同樣的，我們從 DAVID 獲取KEGG pathway的結果。

對于KEGG，我比較喜歡做氣泡圖，這樣用兩種形式的圖結合在一起，效果更豐富更好看一點。